Com que el virus de la fruita rugosa de tomàquet marró infecta les plantes de tomàquet i pebrot de tot el món, les empreses de llavors estan treballant en la cria d’un tomàquet resistent.
Els ramaders de tomàquet disposaven de recursos genètics i genòmics rics fins i tot abans de la creació dels projectes de seqüenciació genòmica del tomàquet. Des de fa temps s’han establert grans col·leccions de germoplasma de tomàquet a diversos llocs. Es conserven més de 75,000 accessions de tomàquet als bancs de gen de tot el món. Un dels més grans és el banc genètic USDA de Ginebra, Nova York.
La seqüenciació del genoma del tomàquet es va iniciar el 2005 com un esforç multinacional entre 14 països i es va completar el 2012. Aquests esforços s’han accelerat molt amb l’aplicació d’intel·ligència artificial, aprenentatge automàtic i algorismes avançats per analitzar grans quantitats de dades genètiques i fenotípiques.
Pan-genoma de tomàquet
Investigadors de l’Institut Boyce Thompson el 2020 van crear un genoma de referència d’alta qualitat per als tomàquets silvestres per produir un pan-genoma de tomàquet més complet i útil. Van descobrir seccions del genoma que fonamenten el sabor, la mida i la maduració de la fruita, la tolerància a l’estrès i la resistència a les malalties. Gràcies, en part, a tecnologies de seqüenciació d’avantguarda que poden llegir trossos d’ADN molt llargs, el genoma de referència és més complet i precís que la base de dades existent.
Les tecnologies de seqüenciació més antigues que llegeixen peces d’ADN més curtes identifiquen mutacions a nivell d’una sola base. Tot i això, no són bons per trobar variants estructurals com ara insercions, supressions, inversions o duplicacions de grans trossos d’ADN.
El 2019, un grup internacional d’investigadors va construir un pan-genoma del tomàquet utilitzant seqüències genòmiques de 725 varietats filogenèticament i geogràficament representatives. Aquesta base de dades inclou 4,873 gens que no es troben al genoma de referència original. Les anàlisis de variacions presents / absents van revelar una pèrdua de gens substancial i una intensa selecció negativa de gens i promotors durant la domesticació i millora del tomàquet.
Llegiu l'article complet a www.seedworld.com.